miRNA 靶基因预测介绍
2014-01-07 MedSci MedSci原创
miRNA主要通过与靶mRNA的结合，或促使mRNA降解，或阻碍其翻译，从而抑制目的基因的表达。用生物信息学方法准确快速地预测miRNA的靶基因，可以为研究miRNA功能提供线索。 植物miRNA 靶基因的预测比较简单, 因为在植物中miRNA与靶基因几乎以完全互补配对的方式结合, 预测时无需复杂的算法。 计算方法的预测主要依赖于已经验证的miRNA和靶基因间的结合的规律。主要原则有：
miRNA主要通过与靶mRNA的结合，或促使mRNA降解，或阻碍其翻译，从而抑制目的基因的表达。用生物信息学方法准确快速地预测miRNA的靶基因，可以为研究miRNA功能提供线索。 植物miRNA 靶基因的预测比较简单, 因为在植物中miRNA与靶基因几乎以完全互补配对的方式结合, 预测时无需复杂的算法。 计算方法的预测主要依赖于已经验证的miRNA和靶基因间的结合的规律。主要原则有：miRNA 与其靶位点在种子区域互补；miRNA 靶位点在不同物种之间保守； miRNA-mRNA 双链之间的热力学稳定性好； miRNA 靶位点处不应有复杂二级结构；miRNA 5′ 端与靶基因的结合能力强于3′端。还有其它原则如多个靶位点现象的存在等。 十年来开发出的miRNA 靶基因预测软件很多，一些软件的推出时间见下图所示。 几种常见的预测软件有： 1). miRanda. 它是最早的miRNA靶基因预测软件。它对3′UTR 的筛选依据主要是序列匹配、miRNA 与mRNA 双链的热稳定性以及靶位点的跨物种保守性。适用范围广泛。对于潜在的杂交位点，miRanda也给予打分。m
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