Journal of Hematology & Oncology：使用无细胞DNA对移植后淋巴增生性疾病进行基因组分析

诊断移植后淋巴增生性疾病（PTLD）具有挑战性，通常需要侵入性手术。从血浆中分离的无细胞DNA（cfDNA）分析是微创的，对肿瘤的基因组分析非常有效。移植后淋巴增生障碍（PTLD）是固体器官移植（SOT）后的主要并发症。

虽然免疫抑制疗法与早期爱泼斯坦-巴尔病毒（EBV）驱动的PTLD有关，但晚发PTLD通常缺乏EBV，并具有更多的基因组畸变。由于其可变的呈现，PTLD的诊断具有挑战性。血浆EBV DNA水平和[18F]FDG PET/CT的串行监测灵敏度和特异性有限。

基于最近在其他B细胞淋巴瘤中取得的成功，对血浆衍生的无细胞DNA（cfDNA）的分析为PTLD检测和疾病监测提供了一种有前途的微创方法。

2023年9月14日发表在Journal of Hematology & Oncology的文章，使用了cfDNA分析PTLD的可行性，并探索其作为筛选工具的潜力。我们通过cfDNA分析研究了17名单态PTLD患者PTLD基因组分析的可行性。使用低覆盖率全基因组测序（lcWGS）检测到拷贝数变化（CNV）。靶向下一代测序（NGS）用于识别cfDNA中的EBV DNA负荷和体细胞单核苷酸变异（SNV），使用靶面板，包括EBV BamHI-W重复区域和LMP1，以及B细胞淋巴瘤中通常突变的72个基因的编码区域。使用内部管道调用SNV和小插入和删除（indel）。

在这项多中心观察队列研究中，本文包括了17名固体器官移植后的单态PTLD患者。研究人员使用低覆盖率全基因组测序（lcWGS）来检测拷贝数变异（CNVs）和靶向下一代测序（NGS），以识别血浆cfDNA中的Epstein-Barr病毒（EBV）DNA负荷和体细胞单核苷酸变异（SNVs）。

17名患者中有7名（41%）患有EBV阳性肿瘤，13/17名（76%）患有IV期疾病。17名患者中有9名（56%）在cfDNA中表现出CNV，在EBV阴性病例中表现出更多的CNV。检测到3q、11q和18q的经常性收益。在6q时观察到经常性损失。与对照组和EBV阴性患者相比，EBV阳性患者在cfDNA中读取的EBV比例高出3个日志。

在PTLD患者的无细胞DNA中发现的复制数畸变

鉴定了289个SNV，每个样本中位数为19个。SNV负担与乳酸脱氢酶水平显著相关。在EBV阴性和EBV阳性PTLD中观察到类似的SNV负担。最常见的突变基因是TP53和KMT2D（41%），其次是SPEN、TET2（35%）以及ARID1A、IGLL5和PIM1（29%），表明DNA损伤反应、表观遗传调控和B细胞信号/NFkB途径是PTLD的驱动因素。

综上所述，这项研究的数据强调了在PTLD患者中使用血浆cfDNA分析的基因组分析作为潜在筛查策略、基因组分析和反应监测的微创工具。使用lcWGS成功检测出CNV，而使用靶向NGS可以捕获EBV状态和肿瘤突变景观。与EBV阳性病例相比，EBV阴性PTLD有更多的CNV，这表明基因组不稳定性更高。

因此，通过EBV PCR和/或SNV分析进行顺序EBV检测是EBV阳性PTLD最合适的筛查策略，而CNV和/或SNV分析将是EBV阴性病例的良好筛查策略。SNV分析的效用有助于诊断和反应评估时的肿瘤分型。这项研究首次对PTLD进行了cfDNA分析，一些患者样本量小，缺乏组织活检。ctDNA动力学在更大的患者PTLD队列中的价值是正在进行的观察性NTR 7402研究的一部分。

原文出处

Veltmaat, N., Zhong, Y., de Jesus, F.M. et al. Genomic profiling of post-transplant lymphoproliferative disorders using cell-free DNA. J Hematol Oncol 16, 104 (2023). https://doi.org/10.1186/s13045-023-01500-x.