案例精讲：甲基化与基因表达数据挖掘的思路与过程
2020-08-15 网络 网络
口腔鳞状细胞癌（OSCC）是最常见的头颈部鳞状细胞癌（HNSCC），由于对OSCC的发生、发展、进展、侵袭和转移的理解有限，导致该病的早期诊断大大延迟。因此，鉴定与OSCC相关的重要癌基因或肿瘤抑制基
口腔鳞状细胞癌（OSCC）是最常见的头颈部鳞状细胞癌（HNSCC），由于对OSCC的发生、发展、进展、侵袭和转移的理解有限，导致该病的早期诊断大大延迟。因此，鉴定与OSCC相关的重要癌基因或肿瘤抑制基因的分子变化，将有助于改善生存预测和早期治疗。 表观遗传变化是可遗传和可逆的，影响DNA的空间构象及其转录活性。 DNA甲基化变化可能影响基因表达并与各种正反馈机制相互作用。 因此，异常甲基化CpG位点不仅被认为是OSCC 的潜在预后因素，也被认为是其他癌症的潜在预后因素。 陈峰教授研究团队挖掘TCGA和GEO数据库的数据在Clin Epigenetics（IF=6.091）发表了题为“Seven-CpG-based prognostic signature coupled with gene expression predicts survival of oral squamous cell carcinoma”的文章，该研究从多组学（基因甲基化和基因表达）的角度探索口腔鳞状细胞癌的存活率。 一. 研究思路 研究设计流程图 1 分析甲基化数据筛选OSCC差异甲基化位点 首先，对32个OS
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