J Transl Med：25例中国原发性睾丸淋巴瘤患者的基因组特征和分子学分型

原发性睾丸淋巴瘤

原发性睾丸淋巴瘤 (PTL) 是一种主要发生于老年男性人群的罕见淋巴瘤。约90%的 PTL组织学上为弥漫性大 B 细胞淋巴瘤 (DLBCL)，60%-90%的PTL-DLBCL为ABC亚型。因为PTL发生于免疫豁免部位，导致治疗缓解率较低和复发率较高。有几项独立研究在有限的范围内描述了 PTL 的基因特征，此外部分分析 DLBCL 基因特征的研究纳入了 PTL，但样本量较小。此外尚缺乏 PTL 的独立分子学分型研究。

基于此，北京大学第三医院景红梅教授牵头对25例PTL患者进行了全外显子组测序(WES)，总结了 PTL 患者的常见突变特征、拷贝数变异 (CNV) 和分子学分型异质性，或可促进更精确的亚型特异性治疗，文章近日发表于《Journal of Translational Medicine》。

研究结果

25例PTL患者的临床特征

获得25例 PTL 患者（14例肿瘤样本和匹配的正常组织，11例肿瘤样本）的福尔马林固定、石蜡包埋标本，并在诊断时进行鉴定。还统计分析了25例 PTL 的临床信息，包括年龄、组织学类型、病理学、分期、B症状、ECOG、IPI和复发（表1）。

25例PTL患者的基因特征及信号通路

基于25例 PTL 患者的 SNV 和 CNV特征可以发现，HLA-A 和 HLA-C 均表现出68%的总突变率，HLA的总突变率高达84%（图1A）。尽管既往研究报道了 HLA-C 的 CNV 缺失，但值得注意的是，本研究还在 PTL 中发现了 HLA-C 的体细胞突变，而这在既往研究中没有报道。25例患者中的4例有 HLA-C 突变，其中3例为stop gain alterations。三个stop-gains均位于转录本的第二个外显子上。其 cDNA 在232位从 C 变为 T 引起78位蛋白序列氨基酸从谷氨酰胺 (Q) 变为stop-gains。其中一个无义突变在转录本的外显子4。其 cDNA 在749位由 A 变为G，引起蛋白序列250位氨基酸由谷氨酰胺 (Q) 变为精氨酸 (R)（图1）。这些突变导致编码蛋白的改变，从而失去功能。此外，HLA-C 的体细胞突变及 ASH1L 的体细胞突变导致PTL 患者预后更差。CDKN2A基因在25例 PTL 患者中突变率第三高（52%）（图1A）。CDKN2A 的 CNV 缺失主要表现为25例 PTL 患者中的7例纯合性缺失，证实了 Chapuy 等的既往研究结果。对9号染色体上的基因进行分析发现，CDKN2A 和 CDKN2B 中有非常大比例的缺失。与淋巴结 DLBCL 相比，CDKN2A在 PTL 患者上的表达明显较低（P = 5.8e–06）。除了 PTL 患者 CDKN2A 的缺失（据报道与基因组不稳定相关），还发现 TP53 的缺失和突变（ PTL 患者基因组不稳定相关的另一个基因）。4例 PTL 患者 TP53 CNV 谱异常，3例呈现杂合缺失，1例同时表现杂合缺失和突变（图1A）。

然后对25例 PTL 患者进行肿瘤突变负荷（TMB）分析，随后发现高 TMB 预示着更好的无进展生存期 (PFS) 和总生存期 (OS)（图1B，PFS，P=0.032；OS，P=0.041）。此外高 TMB 患者复发率低（图1B ，卡方检验，P=0.01）。

PTL中的CNV特征

CNV特征方面，可以在 HLA 所在的6号染色体上发现大量的缺失（图1C）。除了HLA-Ⅰ类基因的高频缺失，包括HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-E、HLA-F和HLA-G，还发现HLA-Ⅱ类基因 CNV 的高频缺失（图1D）。需要注意的是，HLA-A和 HLA-C 在 PTL 中的表达低于淋巴结DLBCL；但与淋巴结 DLBCL 中 PD-L1 的表达相比，PTL患者中 PD-L1 的表达未降低。且 PTL 患者 PD-L2 的表达高于淋巴结DLBCLs（1D，Wilcoxon检验）。与淋巴结 DLBCLs 上 HLA 基因表达相比，PTL患者 HLA 基因的表达降低。还发现P4HTM 和 WDR6 等基因缺失，它们与 PTL 患者的不良预后相关（图1C，对数秩检验）。此外，PTL患者的扩增基因如 TLE1 和 ADAMTSL4-AS1 也导致 PTL 患者的不良预后（对数秩检验）。此外，对25个 PTL 样本中的突变基因进行通路分析，发现与免疫系统、抗原加工交叉呈递和信号转导相关的通路显著富集（图1E–F）。

25例PTL的分子学亚型

根据SNV、CNV和 TMB 特征的结果对25例 PTL 患者进行聚类分析，将患者分为两种截然不同的亚型（图2A）；其中C1 是一种基因组不稳定亚型，主要表现为 TP53 的突变，C2 是一种免疫逃逸亚型，以HLA-a、HLA-C、PIM1等免疫相关基因的突变为特征，其中 HLA 基因频率最高。而且，C1中 CNV 的基因总计数高于C2，意味着 C1 中基因组不稳定的程度明显更大（图2B）。有趣的是，尽管 TP53 突变通常预示着淋巴瘤预后较差，但C1 （主要以 PTL TP53 突变为特征）表现出 PFS 和 OS改善（图2C，OS，P=0.01，PFS，P=0.045）。

通过比较 C1 和 C2 之间的临床信息发现，两组之间仅在分期上存在显著差异，C2 患者确诊时基本处于 III-IV 期（表2）。

总结

该研究纳入25例PTL患者，其中HLA、CDKN2A和 MYD88 突变频率较高，此外在 PTL 中发现两个核心突变特征，包括与基因组不稳定性相关的基因突变（TP53和CDKN2A）和免疫相关基因的突变 (HLA、MYD88、CD79B)，其中 HLA-C 和 TP53 的体细胞突变在先前PTL 遗传特征研究中几乎没有被发现。对25例 PTL 患者进行分子学分型，分为以 TP53 突变为主的 C1 亚型和以 HLA 突变为主的 C2 亚型。值得注意的是，TP53基因突变预示着大多数类型淋巴瘤的预后较差；但与C2 亚型相比，以 TP53 突变为主的 C1 亚型预后较好。C2 亚型表现出较差的预后，表明 PTL 患者的预后与其免疫功能显著相关；PTL免疫逃逸的机制主要是 HLA 的缺失，而非PD-L1/PD-L2 的改变，这与其他 DLBCL 相反。作者还计算了肿瘤突变负荷 (TMB)，并确定 TMB 可以预测 PTL 的预后和复发率。

总的来说， 该研究强调了基于突变特征的 PTL 分子学分型的意义，提出的分子学分层有可能提高诊断、预后评估、肿瘤分期、治疗指导、复发监测和 PTL 靶向治疗开发的精准度。

参考文献

Zhang W, et al.Genomic landscape and distinct molecular subtypes of primary testicular lymphoma.J Transl Med . 2024 May 1;22(1):414. doi: 10.1186/s12967-024-05140-8.