Handy-Weinberg平衡性检验的SAS实现案例
2012-04-05 MedSci MedSci原创
问题：如何计算handy-weinberg平衡性检验的卡方值？也就是表中的B项怎么计算的。 程序如下，基本思路是：gg gt tt是实际基因型频数，以此算出算出单个等位基因（g和t）的实际频率pg和pt，按照遗传平衡定律，可以分别算出 gg gt tt 的理论基因型频数agg agt att，然后按照拟合优度检验的方法来检验gg gt tt的实际基因型频数和理论基因频数的分布是否存在差异，卡方值
问题：如何计算handy-weinberg平衡性检验的卡方值？也就是表中的B项怎么计算的。 程序如下，基本思路是：gg gt tt是实际基因型频数，以此算出算出单个等位基因（g和t）的实际频率pg和pt，按照遗传平衡定律，可以分别算出 gg gt tt 的理论基因型频数agg agt att，然后按照拟合优度检验的方法来检验gg gt tt的实际基因型频数和理论基因频数的分布是否存在差异，卡方值为a，再求出p值 data m;input gg gt tt;n=gg+gt+tt;pg=(2*gg+gt)/(2*n);pt=(2*tt+gt)/(2*n);agg=pg**2*n;agt=2*pg*pt*n;att=pt**2*n;a=(gg-agg)**2/agg+(gt-agt)**2/agt+(tt-att)**2/att;p=1-probchi(a,1);cards;26 24 6108 52 2141 57 7 43 53 3084 109 54 23
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