这篇Nature文章被媒体夸大报道了吗？
2017-03-06 佚名 BioArt
3月1日，笔者正好在撰写有关表观遗传学的简介，在写到有关DNA甲基化功能介绍这块时，一不小心不知怎么发现一篇正好与此相关的新闻报道，题为《基因甲基化缺失是致癌重要成因，将为治疗癌症提供新途径》（来源为《科技日报》，《澎湃新闻》做了转载），点开一看发现是前天发布的，然后笔者详细的阅读了该报道，读完后觉得这个内容好像有些夸大的成分。
3月1日，笔者正好在撰写有关表观遗传学的简介，在写到有关DNA甲基化功能介绍这块时，一不小心不知怎么发现一篇正好与此相关的新闻报道，题为《基因甲基化缺失是致癌重要成因，将为治疗癌症提供新途径》（来源为《科技日报》，《澎湃新闻》做了转载），点开一看发现是前天发布的，然后笔者详细的阅读了该报道，读完后觉得这个内容好像有些夸大的成分，文中还提到是最近刚刚发表在Nature上的研究成果。
由于中文报道里面作者和单位信息都是中文，又没有注明标题，一时很难判断到底是哪篇文章，然后默默的问自己可能是哪篇呢？还是关于DNA甲基化的文章，不可能漏过啊。然后默默的检索近期Nature上发表的有关DNA甲基化的论文，终于发现了一篇题为“Intragenic DNA methylation prevents spurious transcription initiation”的长文，粗看之下标题里根本没有提到癌症，然后看了看论文作者和单位，结果发现这篇Nature长文正式媒体报道所引用的文献出处。
在将这篇Nature与《科技日报》的报道关联之后，笔者首先粗略的看了看摘要，看了半天看到最后才从文中注意到“......with implications for intragenic hypomethylation in cancer”这句话中出现了一个“cancer”字样（下图）（注：包括摘要部分，全文除参考文献一共出现4次“cancer”相关表述）。
然后笔者对全文大致浏览了一遍，由于笔者所在的课题组长期从事相关研究工作，所以不用花太多时间就能看得差不多。整篇论文阅读下来会发现这个工作解释了一些基因组DNA甲基化中的关键问题，最后文章在讨论部分提到这个工作可能解释了一些肿瘤中某些基因异常转录的机制，这和媒体报道的《基因甲基化缺失是致癌重要成因，将为治疗癌症提供新途径》相去甚远，而且肿瘤中基因组DNA甲基化整体下降是很多年前就知道的结论，这个工作是进一步明确了导致DNA甲基化下降的有关机制，那么这个研究对癌症治疗到底有多大的作用见仁见智吧。
简单地讲，该文在小鼠胚胎干细胞中从全基因组层面解释了DNMT3B（一种起始性DNA甲基化酶）依赖的基因内DNA甲基化（Intragenic DNA methylation）保护了基因体（gene body）不进入RNA聚合酶II介导异常的转录起始。因为异常的转录本可以被RNA外泌体复合物降解或者被加帽、poly（A）加尾，然后被转送至核糖体中翻译成异常的蛋白导致肿瘤的发生。从分子机制上讲，DNMT3B的功能依赖于其酶活并且能被H3K36me3招募到基因体上，进一步揭示了RNA聚合酶II与H3K36me3和DNA甲基化之间的相互作（cross-talk）从而确保基因转录起始的忠实性。从这个意义上讲，确实解释了在肿瘤中基因组DNA整体呈现低甲基化状态的相关机理。
更通俗地讲，也就是说肿瘤中SETD2(抑癌基因，以前有报道）的异常会导致其催化的H3K36me3修饰发生变化，进而影响DNMT3B被正确的招募到某些基因位点上从而催化DNA甲基化的形成，而DNA甲基化的异常则会导致某些基因处于非正常状态，在RNA聚合酶II的介导下产生异常的转录本从而翻译出异常蛋白促进癌症的发生。
比较好玩的是《科技日报》中提到文章的第一作者Francesco Neri提出了一种治疗肿瘤的方案——“如果我们找到一种方法，能使甲基基团转移到暴露的癌细胞DNA序列上，就有可能阻止癌细胞繁殖”。这个治疗方案理论上看起来可行，但是要精准的让癌细胞中一系列的DNA上加上甲基化修饰（可尝试CAS9融合甲基转移酶手段）谈何容易。所以笔者认为这个Nature文章在分子机制解释方面做了很好的工作，不然不会以长文（Article）的形式发表，但是谈到应用于肿瘤治疗确实言之过早。
当然即便《科技日报》的报道有夸大的成分但是责任也许不在他们，因为这个报道有可能是Nature文章的作者提供的通稿，笔者也搜索到有两个英文媒体报道了同样的内容（下图），中文报道的内容应该是翻译自通稿。
原始出处：
Neri F， Rapelli S， Krepelova A，et al.Intragenic DNA methylation prevents spurious transcription initiation.Nature. 2017 Mar 2.
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