Sci Rep：膀胱癌开放染色质区域分析阐释β-catenin变异和Wnt信号与膀胱癌神经元亚型的联系
2020-11-12 AlexYang MedSci原创
膀胱尿道癌是最常见的膀胱癌，每年影响40多万人。在组织病理学上，它主要分为肌层浸润性膀胱癌（MIBC）和非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）。最近，主要由TCGA等联盟推动的研究揭示了MIBC和NMIBC
膀胱尿道癌是最常见的膀胱癌，每年影响40多万人。在组织病理学上，它主要分为肌层浸润性膀胱癌（MIBC）和非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）。最近，主要由TCGA等联盟推动的研究揭示了MIBC和NMIBC的变异情况，并确定了膀胱癌的分子亚型。由于染色质蛋白的变异率特别高，膀胱癌被认为是染色质疾病，并指出了研究表观遗传失调和这种癌症中调控的重要性。
最近，有研究人员分析了MIBC产生的ATAC-seq数据，并将他们的研究结果与基因表达和DNA甲基化数据相结合，以确定MIBC的亚组特异性调控模式。研究人员的计算分析揭示了3个MIBC调控簇，分别命名为神经元、非神经元和腔隙外群。研究人员确定神经元调控元件的靶基因参与WNT信号转导，而非神经元和腔外调控区的靶基因分别富集于上皮分化和药物代谢。神经元调控元件确定为？-catenin靶点（p=3.59e-08），包括FGF9、PROX1等参与神经发生的基因，并显著富集TCF/LEF结合位点（p=1e-584）。在三个不同的队列中，神经元调控元件调控的？-catenin靶点上调，表明了？-catenin在神经元膀胱癌中的特征。此外，与变异数据整合发现，神经元膀胱癌的致癌外显子3 ？-catenin突变显著高于非神经元膀胱癌（OR=31.33，p=1.786e-05）。
膀胱癌患者中β-catenin和 β-catenin破坏复合物组分的变异情况
最后，研究人员指出，他们的结果首次确定了神经元膀胱癌的调控元件特征，并通过β-catenin及其破坏复合物成分的变异将这些神经元调控元件与WNT信号传递联系了起来。
原始出处：
Aleyna Eray， Perihan Yağmur Güneri， Gülden Özden Yılmaz et al. Analysis of open chromatin regions in bladder cancer links β-catenin mutations and Wnt signaling with neuronal subtype of bladder cancer. Sci Rep. Oct 2020
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膀胱癌真怪，明明是免疫敏感性肿瘤，为什么PD-1治疗效果不好呢？难道靶点不对？将来CD47会不会有效
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