为什么胶质瘤患者需要检测CDKN2A/B缺失变异？

胶质瘤是最常见的原发颅内恶性肿瘤，有较高的死亡率和致残率。然而，不同胶质瘤患者的总生存期差异显著。临床上，根据患者的免疫表型、血管增生、核分裂象、基因变异等因素，对患者进行预后分层。

CDKN2A/B基因均位于染色体9p21区域。其中，CDKN2A编码p16和p14两种蛋白，CDKN2B编码p15蛋白，参与调控细胞的增殖和凋亡。研究发现，CDKN2A/B纯合缺失变异与星形细胞胶质瘤、少突胶质细胞瘤、胶质母细胞瘤等胶质瘤亚型患者的预后相关。

图1 CDKN2A/B基因染色体定位信息及编码蛋白质

一、CDKN2A/B缺失变异与星形细胞瘤，IDH突变型患者分子分级

《2021WHO中枢神经系统肿瘤分类》已将CDKN2A/B纯合缺失作为星形细胞瘤，IDH突变型患者的分级诊断依据。分类指出，对于弥漫性星形细胞胶质瘤，IDH突变型患者，无论其组织学形态表现如何，一旦检出CDKN2A/B纯合缺失变异，即可分级为CNS WHO 4级。

图2 携带CDKN2A/B纯合缺失的星形细胞，IDH突变型患者，诊断为4级

德国海德堡大学Mitsuaki等入组211例IDH突变星形细胞胶质瘤患者，基于2016WHO分类标准，WHO II级54例，WHO III级90例，WHO IV级67例，其中位生存期分别是19.3年、11.5年和4.4年。将CDKN2A/B纯合缺失纳入分组标准后，WHO II级CDKN2A/B野生型、WHO III级 CDKN2A/B野生型、WHO IV级CDKN2A/B野生型、WHO III级CDKN2A/B纯合缺失型、WHO IV级CDKN2A/B纯合缺失型共5组患者的中位生存期分别是19.3年、12.6年、6.6年、3.3年和2.1年。

由此可见，携带CDKN2A/B纯合缺失的原分类为WHO III级的IDH突变星形细胞瘤患者，比CDKN2A/B野生型且原分类为WHO IV的IDH突变星形细胞瘤患者的预后更差。纳入CDKN2A/B纯合缺失变异后，对IDH突变星形细胞瘤患者的预后评估将更准确。

图3 CDKN2A/B纯合缺失原III级胶质瘤患者预后与胶质母细胞瘤类似

既往基于2016WHO分级标准确诊的星形细胞瘤，IDH突变型患者，WHO II级CDKN2A/B纯合缺失发生率为0-12%，WHO III级为6%-20%，WHO IV级为16%-34%。首都医科大学天坛医院牛蕴泽等分析了333例星形细胞瘤，IDH突变型中国胶质瘤患者（2级和3级），检出17例患者携带CDKN2A/B纯合缺失变异，阳性率为5%。

二、CDKN2A/B纯合缺失与少突胶质细胞瘤预后评估

《2021WHO中枢神经系统肿瘤分类》指出，无论组织学形态是否表现为少突胶质细胞瘤特征，弥漫性胶质瘤如果同时存在IDH突变和1p/19q共缺失，即可定义为少突胶质细胞瘤，IDH突变和1p/19q共缺失型。根据组织学形态特征，将少突胶质细胞瘤分为2个级别：CNS WHO 2级肿瘤具有良好的分化，预后良好；CNS WHO 3级肿瘤具有间变特征，且即使出现微血管增生、坏死、核异型性增加等类似WHO 4级肿瘤的组织学形态，也将其列为WHO 3级。

图4 少突胶质细胞瘤分类分级标准

临床研究发现，CDKN2A/B纯合缺失与少突胶质细胞瘤总生存期较短相关。法国公立医院联盟Appay等分析了483例WHO III级的少突胶质瘤患者生存状况，其中33例（6.8%）携带CDKN2A/B纯合缺失。结果表明，携带CDKN2A/B纯合缺失的少突胶质瘤患者的中位无进展生存期（p=0.002）和总生存期（p＜0.0001），均显著短于野生型。CDKN2A/B纯合缺失，是独立于血管内皮细胞增生或坏死的预后因子。

图5 与野生型相比，携带CDKN2A/B纯合缺失的少突胶质细胞瘤预后较差

三、CDKN2A/B纯合缺失与胶质母细胞瘤，IDH野生型患者预后评估

正如上文所述，CDKN2A/B纯合缺失变异，存在于星形细胞胶质瘤，IDH突变型、少突胶质细胞瘤、胶质母细胞瘤，IDH野生型等多个病理亚型。其中，胶质细胞瘤，IDH野生型患者最多。首都医科大学天坛医院赵峥等分析了131例星形细胞胶质瘤，IDH突变型、56例少突胶质细胞瘤、78例胶质母细胞瘤，IDH野生型患者的CDKN2A/B纯合缺失发生率，分别是28%、14%和49%。

图6 CDKN2A/B纯合缺失变异存在于多个胶质瘤病理亚型

如图3所述，携带CDKN2A/B纯合缺失的胶质母细胞瘤，IDH突变型患者，预后最差，其中位生存期为2.1年，远低于CDKN2A/B野生型胶质瘤母细胞瘤，IDH突变型患者的生存期6.6年。因此，胶质母细胞瘤，IDH突变型患者，检测CDKN2A/B纯合缺失变异，可用于辅助临床预后评估。

四、CDKN2A/B缺失变异需准确区分为纯合缺失和杂合缺失

若肿瘤细胞的9号同源染色体一对CDKN2A/B基因，均发生缺失，则为CDKN2A/B纯合缺失，若一个缺失，另一个正常，则为CDKN2A/B杂合缺失。纪念斯隆-凯特琳癌症中心的David等分析了370例2级或3级胶质瘤患者的CDKN2A/B缺失状况，其中47例（12.7%）纯合缺失，80例（21.6%）杂合缺失，其余243例CDKN2A/B正常。尽管CDKN2A/B杂合缺失患者的预后，也差于野生型，但优于纯合缺失。

图7 CDKN2A/B杂合缺失患者，与野生型相比，预后也较差，但优于纯合缺失

《脑胶质瘤诊疗指南》推荐荧光原位杂交（FISH）、qPCR、二代测序（NGS）等方法检测CDKN2A/B纯合缺失变异。绘真医学脑胶质瘤系列基因检测项目，采用NGS测序和自研CNV分析方法，通过计算肿瘤样本与基线样本的深度变化，结合单核苷酸多态性位点、高GC区域矫正以及肿瘤细胞含量等因素，综合评估CDKN2A/B纯合缺失变异。30余例样本的NGS检测结果与FISH方法进行比较分析，一致性达80%。

图8《脑胶质瘤诊疗指南》推荐患者进行CDKN2A/B纯合缺失变异检测

近日，1例男性胶质瘤患者，病理诊断为弥漫性星形细胞瘤，IDH突变型，CNS WHO 3-4级，送检石蜡切片+对照血样本，检测脑胶质瘤201plus项目。检测结果提示，CDKN2A/B基因拷贝数为0.6，考虑为纯合缺失。经FISH方法验证，与NGS检测结果一致。根据星形细胞瘤，IDH突变型患者的分类分级标准，建议临床进一步明确该患者的CNS WHO分级为4级，提示患者预后较差，需要积极辅助治疗并密切观察病情变化。

图9 受检者病理检测结果

图10 脑胶质瘤201plus检测IDH1突变和CDKN2A/B纯合缺失变异，建议该患者CNS WHO 4级

图11 FISH方法验证，该患者CDKN2A/B缺失变异确为纯合缺失

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