PeerJ：从TCGA挖掘信息，寻找肺鳞状细胞癌诊断的生物标志物
2017-12-05 MedSci MedSci原创
肺癌被认为是全世界死亡率最高、最致命的癌症之一。寻找新的生物标志物对于早期诊断肺癌，尤其是肺鳞状细胞癌（LUSC）至关重要。癌症基因组图谱（TCGA）是提供癌症和临床信息的数据库。本研究旨在基于TCGA进行LUSC诊断性生物标志物的综合分析。研究人员从TCGA大规模样本中探究了LUSC特异性关键微小RNAs（miRNAs）。共获得332例LUSC患者临床资料相关的miRNAs表达谱。鉴定大多数在肿
肺癌被认为是全世界死亡率最高、最致命的癌症之一。寻找新的生物标志物对于早期诊断肺癌，尤其是肺鳞状细胞癌（LUSC）至关重要。癌症基因组图谱（TCGA）是提供癌症和临床信息的数据库。本研究旨在基于TCGA进行LUSC诊断性生物标志物的综合分析。
研究人员从TCGA大规模样本中探究了LUSC特异性关键微小RNAs（miRNAs）。共获得332例LUSC患者临床资料相关的miRNAs表达谱。鉴定大多数在肿瘤和正常样品之间异常表达的miRNA。采用整合计算方法，获得了42个LUSC特异性交叉点miRNAs（倍数变化> 2，p <0.05），对其中6个miRNAs在患者特征（性别、淋巴结转移及患者结局评估）进行Student t检验。通过单变量Cox比例风险回归模型和Mantel-Haenszel检验得到5个与总体生存相关的miRNAs（log-rank p <0.05）。然后，使用定量实时聚合酶链式反应随机选择5个miRNAs在47个LUSC患者组织中验证其表达。
结果显示，验证结果与TCGA的结果一致。此外，特定关键miRNA的诊断价值由受试者工作特征曲线下的面积确定。最后，选择了577个相互作用mRNA作为42个LUSC特异性相交miRNA的靶标用于进一步的生物信息学分析。
综上所述，本研究表明，基于生物信息学分析，新的microRNA表达谱可能是LUSC患者诊断的有用生物标志物。
原始出处：
Sheng Yang, Jing Sui, and Geyu Liang. Diagnosis value of aberrantly expressed microRNA profiles in lung squamous cell carcinoma: a study based on the Cancer Genome Atlas. PeerJ. 2017; 5: e4101. doi: 10.7717/peerj.4101
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