生物信息学：投稿， 审稿和拒稿的一些问答

1 生物信息学有哪些主要期刊和会议？

计算生物学和生物信息学的主要组织是 ISCB （国际计算生物学会）， 有欧洲学者运作。 ISCB的官方期刊是 Bioinformatics和 PLOS Comput Biology。

其它重要期刊有 ACM-IEEE 的 Trans on Comput Biol and Bioinformatics (TCBB), J. Comput Biol. (JCB). 其他的还有 BMC Bioinformatics，  Briefings in Bioinformatics。

由于生物信息学是应用交叉学科，生物期刊，计算机期刊也刊登生物信息的文章。 特别是Nucleic Acids Research （NAR）， 应该算半个生信期刊。

由于生物信息学是从计算机应用发展出来的。 其科研交流受计算机科学的一些影响。会议在交流上起更重要的作用。重要会议有，ISMB， RECOMB， ECCB（欧洲计算生物学年会）。  和国内有关的还有APBC （亚洲生信年会）。 ISMB和ECCB在Bioinformatics上发会议专辑，RECOMB 在JCB上发专辑，最近为吸引偏生物应用文章，也推荐文章到Cell Systems， Cell 子刊里的新成员。

2 如何选择期刊

Bioinfromatics 偏重具体算法和软件。 其编委大部分由具有数据库，算法，和人工智能背景的人员成。 PLOS CB 偏向具体生物问题，其编委由在生物学科背景的生信专家组成。 JCB 的编委是由算法，数学背的专家组成。 近期，统计方面的专家也进入编委。 TCBB 编委由具有算法，AI背景的人员组成。

卖石灰的见不得卖面的。 生物信息的研究人员有不同背景： 离散优化和算法， 生物和统计物理， 统计，和分子生物学。选择期刊有以下几条简单选择:

   1)  那个编委里你熟悉的人多，投那个期刊；

   2） 你引用的同一课题发在那里，你投到那里。

    渠道1：  Bioinfromatics （Briefing Binformatics）  --> BMC Bioinfromatics -->... --> Axiv (文章总站）

    渠道2：  PLOS CB, NAR -->  BMC  Bioinformatics --> ...  Axiv

    渠道3：  JCB, TCBB --〉 BMC  Bioinfromatics --〉 ... Ａｘｉｖ

　  会议：　ＲＥＣＯＭＢ　（ＩＳＭＢ，ＥＣＣＢ）　－－〉WABI， APBC, RECOMB Satellite  --> Axiv 

     Bioinfromatics, PLOS CB  的接受率大概是30-40%，

     NAR 的接受率大概是 10 -20%

     JCB， TCBB  的投稿率低，接受率大概是25-45%。

     RECOMB， ISMB和ECCB 的接受率大概是（15-20%， 25-40 out of 230)

发表的时间很重要。不要为影响因子提高0.1 斤斤计较。   

3 如何推荐审稿人？

选择审稿人和选择杂志一样。 有以下几个原则：

1  选你引用文章的作者，这些人对你的研究最感兴趣；

2 选在同一杂志上发表过文章的。鱼找鱼，虾找虾。  乌龟找王八。

3  避开观点冲突的人，竞争对手。

其实编委也是这样做的。 关键是要和编委达成互信。

从投稿到接受发表 大约：  接受（1到6 个月）， 接受到发表（1周到5 个月）。  

4  发表文章难吗？

理论上讲，这么多的期刊，会议，发表文章不难。每次只要2到3个审稿人同意即可。 

难的是如何发表有影响的文章。 有的一炮打红，有的人到退休后才作出最有影响的工作。最近，著名物理学家Albert Barabasi 发表文章认为，对于一个人来讲，最有影响，引用次数最高的文章的发表点是非常随即的。发表的越多，越有可能发表影响力大的文章。 俗话讲的“xxx的文章引起全球轰动”一般只是个传说。 

5  审稿人的要求是什么？

基本要求是方法结果描述清楚。 数据处理可靠。  好一点的期刊，考察一下工作是否有意义。 当然， 这个很主观。 

由于最年的open access 的发表形式，本人一般要求基本数据必须提供。比如说，你如果说用到TACG 数据库里的200组数据。你必须提供这些数据在附加文件里。 又比如你在一组数据上比较你的方法和其他方法，你必须提供这些数据。 这个不论杂志的好坏。这样做的好处是别人可以检验你的结果可靠性。 另一方面， 我会从文献引用， 图和标的好坏来判断作者的严肃程度。

从我的经验看，大部分文章都是可发表可不发表。关键在审稿人的特质。有的喜欢看积极的方面。这样的人更可能推荐发表。 有的人更注重缺点，这样的人更可能推荐据稿。

6  “审稿人难找”和“一个审稿人”说明什么？

通常总编指定某个编委负责一个稿件。编委发电邮邀请审稿人。 被邀请人是否接受取决于 （a) 是否有空和（b)受否对你的稿件感兴趣。  如果编委很长时间找不到审稿人，并且理解为后者，据稿便是一个选项。

如果有这种问题，请投会议。会议在有限时间安排2 到3人审稿， 决定是否接受， 

7  “审稿意见没有负面”，被拒为何。

审稿人和编委的交流并不是100% 对作者公开的。所以，读者永远不知道接受和据稿的具体原因。当然作者可以和编委通过多次互动来了解多一点的信息。

8 “新东西很难发表“ 和”大创新“难发吗？

一些研究生， 新手可能常有这些看法。 认为科研很神秘。  我本人认为”一般来讲，这些看法是很不成熟的”。

一个好的杂志有很好的学者作编委和审稿人，这些人科研作几十年，课教几十年，每年看上百篇文章。 95% 的文章不存在看不懂的问题。 与数学文章比，审生信文章不算事。

遇到这种事，作者要检讨理论的细节是否清楚，主要结果的意义阐明是否完善。