取消药品加成是解决收入补偿问题的第一步
我国医疗机构长期存在着收入补偿结构严重扭曲的问题，即医疗服务本身的收入补偿严重低于合理成本和脱离供求关系，从而医疗机构用药品、耗材、检查等其他收入来补偿医疗服务。
这种扭曲造成了医疗领域的许多问题和恶果：医疗服务收入偏低，使得医生的个人收入无法得到合理补偿，医生职业不具吸引力，医生不再是受到社会尊敬的职业，医学院不再是被人追捧的专业。过度使用药品、耗材、检查造成医疗资源浪费，同时对病人健康带来损害。医生和医疗机构行为的扭曲，使得收入而非病人成为医疗的中心，造成了医患关系紧张和矛盾加剧，使老百姓对医疗服务丧失信心，也严重限制了人们对医疗服务需求的增长。
取消药品加成只是朝着解决医疗机构收入合理补偿问题迈出的第一步，离开问题的真正解决还距离遥远。在医疗服务本身还没有得到合理补偿之前，医生和医疗机构的行为不会真正合理，病人的利益也无法真正得到保障和实现。造成医疗服务无法合理补偿的根本原因是什么，如何才能使得医疗服务得到合理补偿？在这些问题上长期以来存在着许多混乱的认识、观念和理论。
医疗机构的组织方式决定着收入补偿方式
医疗机构的收入补偿方式主要有两种：一种是通过市场得到补偿。价格决定了补偿的范围和水平。只有在合理的价格条件下，才有可能通过市场得到补偿。在通过医疗保险进行补偿时，医保的支付价格也是市场价格的组成部分。另一种补偿方式是通过政府的财政拨款。
对于不同组织类型的医疗机构来说，上述两种收入补偿方式的重要性不同。对于一个公立医疗机构来说，政府财政补偿具有举足轻重的作用。如果我们把医疗机构的公益性定义为“提供低于市场价格的医疗服务”（在极端情况下，就是免费医疗），公益性的大小与政府财政支持力度的大小密切相关。当然，税收优惠或免税也是一种间接的财政支持方式。由于我国医疗服务价格严重压低，同时政府对于公立医疗机构的财政支持不足，公立医疗机构只能通过药品、耗材和检查等途径来获得收入补偿。因此，在财政对于公立医院支持不足的情况下，要求公立医院有多大的公益性是没有道理的。
对于民营医疗机构来说，市场和价格补偿具有绝对重要的地位。在一定程度上，政府财政也可以发挥购买服务的作用。尽管民营医疗机构的医疗服务价格享有自主定价权，但是在公立医疗机构占有压倒的市场份额和资源优势情况下，严重偏低的公立医疗服务价格同时也限制了民营医疗服务的定价，使后者同样无法达到市场供求的合理水平。
重塑医疗组织结构是解决问题的根本出路
由于目前我国公立医疗机构占据了医疗服务市场超过80%的份额，从而造成了一种长期以来成为主流的思维定势，一谈到医疗机构收入合理补偿的解决办法，便是将主要的希望寄托在政府增加投入上，很少想到发挥价格机制的调节作用。价格机制作用的核心不在于政府主导下的医疗服务提价，而在于建立一个合理、有自我生命力的定价机制。
我们需要考虑的是，政府是否有能力通过财政补贴来解决所有公立医疗机构的收入补偿问题？即使财力允许，这种收入补偿方式是否有利于医疗机构很好的满足病人需要，是否最有效率？
我国目前的公立医疗机构体量巨大，同时提供了从基层到三级医疗各种不同层级医疗服务的功能。如此巨大体量的公立医疗机构和医疗服务都要通过财政来解决，恐怕这是任何国家的财政都无法承担的任务。在一个合理分工的医疗体系中，公立医疗机构应当承担社会弱势群体的基本医疗服务，而让市场和社会解决大多数人口的医疗服务需要。
保持如此巨大体量的公立医疗机构，必然会造成公立医疗名存实亡的结果，使得公立医疗机构与民营医疗机构一样，不得不依赖市场来生存和发展。而在市场和医疗服务价格受到压抑、无法发挥作用的情况下，就必然出现以药养医、以耗材养医、以检查养医的种种扭曲问题。由此可见，发挥市场和价格机制作用的前提，是需要重塑医疗机构的组织结构。这个问题不解决，我国医疗机构收入合理补偿的问题便无法得到根本解决。
依赖政府财政投入解决我国医疗机构收入合理补偿问题，是长期存在的思维惯性，在许多人头脑中根深蒂固。向医疗服务价格和定价机制寻找解决问题的答案是一个进步，但离开问题的解决还有距离。
如果没有形成公立医疗机构与民营医疗机构之间合理分工的情况下，让市场价格充分发挥作用，便会削弱公立医疗机构的职能。因此，如果我们不解决医疗机构的组织结构问题，便无法真正发挥市场价格的调节作用，也无法从根本上解决医疗机构收入的合理补偿问题。
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