Sci Rep：在古人类样本中识别细菌“罪魁祸首”
2014-03-21 Nature中文网 Nature中文网
本期Scientific Reports杂志报告了对古人类样本进行筛查来寻找传染病的一个新方法。这项原理证明研究利用一个微生物检测阵列在两个古人类样本中正确识别出了以前被确认的细菌病原体的DNA。该方法也许为跨越时间和空间进行健康研究提供了一个高效的、廉价的古病理学工具。 研究传染病起源和人口健康问题所面临的挑战之一是，古人类遗留物一般含有高度降解的DNA，在其中能够感染的部分经常只是少数。这会
本期Scientific Reports杂志报告了对古人类样本进行筛查来寻找传染病的一个新方法。这项原理证明研究利用一个微生物检测阵列在两个古人类样本中正确识别出了以前被确认的细菌病原体的DNA。该方法也许为跨越时间和空间进行健康研究提供了一个高效的、廉价的古病理学工具。
研究传染病起源和人口健康问题所面临的挑战之一是，古人类遗留物一般含有高度降解的DNA，在其中能够感染的部分经常只是少数。这会使得基于序列的元基因组分析成本高昂、耗费时间。Hendrik Poinar及同事提出，微阵列（它们的多功能性对现代临床样本已得到充分证明）也许能够为复杂样本中的微生物多样性提供一个快速的、但又全面的快照，而不需要进行冗长的分析，也不会产生高吞吐量筛选所涉及的高成本。
本文作者利用“劳伦斯·利弗莫尔微生物检测阵列”(LLMDA)成功识别出了以前确认的人类细菌病原体，其中包括在来自公元1849年的一个小肠样本中识别出了霍乱弧菌（造成霍乱）和在来自公元1348年的一颗牙齿中识别出了鼠疫耶尔森氏菌（造成“黑死病”瘟疫）。这些发现表明，LLMDA能在古样本中识别出原始的和/或共感染的细菌病原体。该研究显示了微阵列成为考古样本的一个有用筛选工具的潜力，利用它们可以对微生物特征进行快速、廉价和准确的重建。
原始出处
Devault AM1, McLoughlin K2, Jaing C2, Gardner S2, Porter TM3, Enk JM4, Thissen J2, Allen J2, Borucki M2, Dewitte SN5, Dhody AN6, Poinar HN7.Ancient pathogen DNA in archaeological samples detected with a Microbial Detection Array.Sci Rep. 2014 Mar 6
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