赵立平:中国学者如何发高水平的综述
2014-08-19 上海交大赵立平 科学网博客
不久前,武夷山老师的博文(http://blog.sciencenet.cn/blog-1557-777251.html)引发了关于为何中国学者发表的高水平综述偏少的热议,《科技导报》记者李娜对此撰写了报道,发表在2014年第10期上,题目是,“中国高水平综述缘何产量低”。 如果把在《自然》杂志的Nature Reviews系列刊物发表综述看作是比较高水平的综述的话, 我国学者第一篇该系列的
不久前,武夷山老师的博文(http://blog.sciencenet.cn/blog-1557-777251.html)引发了关于为何中国学者发表的高水平综述偏少的热议,《科技导报》记者李娜对此撰写了报道,发表在2014年第10期上,题目是,“中国高水平综述缘何产量低”。
如果把在《自然》杂志的Nature Reviews系列刊物发表综述看作是比较高水平的综述的话, 我国学者第一篇该系列的综述是2003年由当时的北京基因组研究所,现在的深圳华大基因研究院的王俊为第一作者发表在Nature Reviews Genetics上的。从那一年开始,中国学者在Nature Reviews系列刊物发表综述的数量逐年呈上升趋势(见图),到这个月累计发表60篇。这标志着中国学者在相应的学科领域的学术地位在逐步上升。
我本人在Nature Reviews系列刊物发表过2篇论文。一篇是贾伟教授牵头,我参加了部分工作,2008年发表在Nature Reviews Drug Discovery上面;另一篇是我独立撰写,2013年发表在Nature Reviews Microbiology上面。
Nature Reviews系列刊物一般是由编辑发现和确定选题,然后邀请该方向的权威学者撰写综述。当然,也有作者自己把设想报给编辑部,经过编辑同意以后撰写发表的。2008年与贾伟教授合作的综述是我和他与帝国理工的Nicholson教授多次聊天形成的设想,即把肠道菌群作为一个药物的靶标,进行新药的开发。后来,贾教授把这个思路整理以后,与Nature Reviews Drug Discovery的编辑联系,对方表示感兴趣,然后开始撰写、投稿、修改,最终发表的。(http://www.nature.com/nrd/journal/v7/n2/abs/nrd2505.html)
2011年5月底,我在美国微生物学会111届年会开幕式上做了大会报告,Nature Reviews Microbiology (NRM)的编辑Andrew Jermy在会场上听了以后,对我讲的用“全微生物组关联分析”寻找与肥胖等慢性病有关系的肠道细菌的内容很感兴趣。会后,他发来电子邮件,问我是不是愿意写一篇关于用高通量测序和全微生物组关联分析研究肠道菌群与肥胖等慢性病关系的综述。接到这个邀请,我的确小小兴奋了一下,感觉这是一个很好的机会。当然,也同时感到挺有压力,要写好,的确不容易。答应了Andrew以后,我就开始收集资料和构思文章。特别是绞尽脑汁,提炼文章的核心观点。期间看了大量的文献,也与我们组的老师和同学做了大量讨论,但是,那个令人看了能兴奋起来的观点似乎就在离我不远处,可就是千呼万唤不出来。无论是NRM的刊物本身的定位,还是我自己对这篇综述的要求,都是很高的:要站在学科最前沿,为未来5-10年的发展方向提出自己独到的见解。我希望这篇综述让任何同行读了,都有新的收获,不但对原有的科学证据产生新的看法,而且对下一步如何继续深入探讨本领域最重要的问题:“肠道菌群结构变化与肥胖等慢性病发生发展之间是否存在因果关系”——能够产生全新的研究思路。
这样的定位,决定了其产生过程必然是很艰难的。一开始,用类似“全基因组关联分析(GWAS)”的方法做“全微生物组关联分析(MiWAS)”的观点是很新颖的,但是,这种研究策略依然只能解决哪些肠道细菌种类与肥胖的发生有关联,并不能为解决“先有鸡,还是先有蛋”的因果关系问题提供太多帮助。当时,已经有不少用这种策略做出的高水平的论文,如果仅仅对它们进行综述,是比较容易的。不过,对于下一步如何发展,可能很难提出有震撼力的新思路和新观点。而且,我们实验室做的仅仅依靠测序来做相关分析的文章并不多,这就势必导致我的综述是以他人的论文为主,自己的工作引用并不多的局面,这是我不愿意看到的。
在这两个想法的驱使下,我开始和Andrew商量,把文章的思路从用高通量测序做关联分析提高到讨论如何研究肠道菌群与肥胖病的因果关系层面上来。对于这样的改动,他是认可的。那时候,我们已经发现,从一个重度肥胖症患者体内分离的一株条件致病菌在无菌动物模型中可以引起肥胖症状,我希望把这个工作发表以后写到综述里面;另外,我们做了123个肥胖志愿者的营养干预临床试验,结果表明,改变肠道菌群与症状改善是有关系的,因此,也希望这个结果能发表以后放到综述里面。所有这些想法,Andrew都表示理解,当然,这样就会推迟综述的发表时间。我并不急着发这篇综述,我希望自己好好用功,把它写成一篇经得起时间考验的综述,也希望这篇综述能把我们的主要工作都引用上,介绍给世界同行。
8月5日,论文上线后一个小时,Sheilagh把pdf版发给我了。看着这篇文章,仔细地读着每一个似乎已经读过无数遍的字,有一种无法抑制的喜悦从心头升起。看着这篇令我呕心沥血了2年多才发表的文章,有一种看到孩子出生的神圣感。
在NRM发这篇综述,一切都起因于在美国微生物学会年会的大会开幕式报告。NatureReviews系列刊物的编辑每年都会参加很多学术会议,把握前沿动态,发现新的选题,邀请写综述的专家。
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