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Nature Methods：从胚胎发育到疾病解析：FlowSig引领细胞间信号流动研究新方向
介绍 FlowSig 方法从单细胞和空间转录组数据推断细胞间通信流，通过多应用验证其性能及潜力，为理解生物过程提供新工具。
Nature Methods：突破传统方法：DeepPBS模型助力蛋白质-DNA相互作用研究
该研究展示了DeepPBS如何与结构预测方法结合使用，以预测没有实验结构的蛋白质的特异性。通过优化结合DNA的DeepPBS反馈，可以改进蛋白质-DNA 复合物的设计。
Nature Methods：CaST技术革新：非侵入性标记细胞活动的里程碑
研究报道新型酶催化方法CaST，可在体内快速生化标记Ca2+浓度升高细胞，经多实验验证，在体外、神经元及动物模型中有效，应用前景广阔。
Nat Methods：基于测序的11种空间转录组学方法的系统比较
研究团队选择了一系列具有明确定义的组织结构特征的组织作为参考，使用其生成数据比较了11种sST方法。
Nature Methods：革新癌症治疗：EpiChem技术揭示药物与染色质结合的单细胞层面机制
介绍了一种新方法EpiChem，这是一种原位单细胞联合绘图技术，能够同时测量小分子药物与染色质的结合以及多模态的表观基因组特征。
Nature Methods：解码基因调控新机制：系统性发现人类转录组中的RNA结构开关
研究开发 SwitchSeeker 方法用于鉴定人类转录组中的 RNA 结构开关，在 RORC 转录本中验证，扩展对基因调控中 RNA 开关的理解，为未来研究奠定基础。
Nat Methods：何爱彬/舒绍坤团队开发同时检测药物基因组靶点与表观基因组的单细胞方法scEpiChem
研究报道了一种称为“scEpiChem”的单细胞药物多组学技术，用于同时检测单细胞小分子药物-靶标结合及多模态表观基因组图谱，揭示药物反应和功能异质性。
Nature Methods：突破蛋白质功能研究瓶颈：ORFtag高效标记与筛查技术
通过这种创新技术，研究人员可以在大规模上进行蛋白质功能的高通量筛查，从而更全面地理解蛋白质在细胞生物学中的重要作用。
Nat Methods：1亿个参数，2万个基因！张学工/马剑竹/宋乐开发单细胞转录组学大规模预训练模型
研究团队报道了一个大型的预训练模型scFoundation，其具有1亿个参数，覆盖约20,000个基因，在超过5,000万个人类单细胞转录组谱上进行了预训练。
Nature Methods：通过高分辨率MRI探索灵长类脑连接：迈向认知科学的新里程碑
该研究通过高分辨率dMRI和优化的纤维重建方法，提供了详细的黑猩猩大脑白质纤维结构数据。
Nature Methods：GPT-4在单细胞分析中的突破：高效的细胞类型识别
研究人员展示了GPT-4在利用标记基因(marker gene)信息进行细胞类型标注方面的准确性和效率。
Nature Methods：从模型到治疗：类器官在癌症研究中的革命性作用
通过光遗传学方法，可以空间和时间控制地激活致癌驱动突变，这些方法结合生物工程支架，为癌症早期阶段的模型提供了前景。
Nature Methods：多中心协作揭示：非编码CRISPRi筛选的力量与潜能
ENCODE项目的多中心综合分析揭示了非编码CRISPRi筛选的潜力，为未来CRISPRi筛选设计和分析提供了实验指南，加速了非编码基因组功能特性的研究。
Nature Methods：光遗传学新突破：控制单分子释放的创新方法
这项研究为单分子水平上研究细胞功能提供了一个强大的新工具，并可能对未来的生物学和医学研究产生重要影响。
Nature Methods：革命性的CRISPR-CasRx筛选平台：开启癌症基因组新篇章
开发高效、系统的技术平台，对lncRNA进行全基因组规模的功能筛选，对于揭示其在生理和病理过程中的作用至关重要。
Nature Methods：解码RNA与蛋白质相互作用的新视角：TREX技术的突破
报道了一种名为TREX的技术。TREX技术，作为一种创新的实验方法，为研究活细胞中特定RNA区域与RNA结合蛋白之间的互作提供了强有力的工具。
Nat Methods：何川团队开发RNA结合蛋白结合位点原位逆转录测序分析的新方法
该研究提出了一种基于逆转录的RBP结合位点测序(ARTR-seq)的检测方法，该方法依赖于抗体引导下RBP结合RNA的原位逆转录来识别RBP结合位点。
Nature Methods：南京大学黄硕团队开发了新的蛋白质测序方法
该研究提出了一个工程化的异八聚耻垢分枝杆菌孔蛋白A (MspA)纳米孔（含有一个单一的Ni2+修饰）。
Nature Methods：北京大学汤富酬团队开发新的方法，揭示单个细胞内高阶染色质结构
该研究开发了scNanoHi-C，它应用纳米孔长读测序来探索单个细胞内全基因组近端高阶染色质接触。
Nat Methods：新泛基因组研究工具包PGR-TK，可在多种尺度上分析重复/临床相关复杂基因变异
。通过将PGR-TK中的图分解方法应用于二型主要组织相容性复合体（MHC-II）中，证明了人类泛基因组对分析复杂基因区域的重要性。
