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【论著】| 利用单<font color="red">细胞</font>测序和<font color="red">转录</font>组测序建立结直肠癌<font color="red">免疫</font><font color="red">细胞</font>的9<font color="red">基因</font>预后模型

【论著】| 利用单细胞测序和转录组测序建立结直肠癌免疫细胞的9基因预后模型

我们基于CRC肿瘤微环境中免疫细胞的异质性构建了一个包含9个基因的风险预后模型，并据此预测了CRC患者的生存和治疗效果。

中国癌症杂志 - 结直肠癌，药物筛选，预后模型，scRNA-Seq，肿瘤免疫与免疫治疗 - 2024-07-13

Nat Commun：<font color="red">细胞</font>计数和<font color="red">转录</font>组分析显示石墨烯对人体<font color="red">免疫</font><font color="red">细胞</font>的影响

Nat Commun：细胞计数和转录组分析显示石墨烯对人体免疫细胞的影响

了解石墨烯和人类免疫细胞之间的生物分子相互作用是将其作为诊断或治疗工具的先决条件。为了表征石墨烯和免疫细胞之间的复杂相互作用，本研究提出了一个包含分子和细胞参数评估的综合分析流程。研究人员使用单细胞质谱仪来分析15个免疫细胞群体上氧化石墨烯（GO）和氨基（GONH2）功能化的作用，在单细胞水平上查询30个标记物。接下来，单细胞质粒细胞计数与全基因组转录组分析的结合表明，胺基减少了GO对细胞代谢的干

MedSci原创 - 流式分析，石墨烯 - 2017-11-01

Nat Commun：基于单<font color="red">细胞</font>和空间<font color="red">转录</font>组学分析构建NSCLC<font color="red">免疫</font>和非<font color="red">免疫</font>区图谱

Nat Commun：基于单细胞和空间转录组学分析构建NSCLC免疫和非免疫区图谱

研究团队将来自25名未接受治疗LUAD或LUSC患者的近90万个细胞的scRNAseq数据和其中8名患者的空间转录组学数据结合起来，系统研究了肿瘤和邻近非肿瘤组织中细胞组织的差异。

测序中国 - NSCLC，肺癌，空间转录组学 - 2024-06-18

Blood：晚期皮肤T<font color="red">细胞</font>淋巴瘤STAT-6调控<font color="red">基因</font>的全<font color="red">基因</font><font color="red">转录</font>组分析

Blood：晚期皮肤T细胞淋巴瘤STAT-6调控基因的全基因转录组分析

STAT-6促进MF/SS恶性淋巴细胞的增殖和侵袭，同时逐步抑制抗肿瘤免疫反应。

MedSci原创 - 蕈样肉芽肿，Sezary综合征，STAT-6 - 2020-05-23

SCI REP: 在乳腺癌干<font color="red">细胞</font>中<font color="red">转录</font>因子工作网络可以调节<font color="red">细胞</font><font color="red">免疫</font>应答

SCI REP: 在乳腺癌干细胞中转录因子工作网络可以调节细胞免疫应答

该研究在乳腺癌中鉴定了新的转录因子可以作为乳腺癌干细胞主要调节因子，表明这些转录因子对临床治疗效果的影响，并且证明了在免疫应答和乳腺癌的EMT激活的平衡之间存在一种可能的分子机理，这个分子机理可能有助于发展新的治疗

MedSci原创 - 乳腺癌，转录因子 - 2017-06-07

Circulation：单<font color="red">细胞</font><font color="red">转录</font>组学揭示不同器官内皮<font color="red">细胞</font>的<font color="red">转录</font>特征

Circulation：单细胞转录组学揭示不同器官内皮细胞的转录特征

内皮细胞(EC)根据其所处的血管和组织表现出相当大的功能异质性。虽然这些功能上的差异可能被记录在转录组中，但维持EC异质性的通路和网络尚未完全明确。

MedSci原创 - 内皮细胞，转录组，单细胞RNA测序 - 2020-09-19

单<font color="red">细胞</font><font color="red">转录</font>组测序，揭示动物发育过程“古老”和“年轻”<font color="red">基因</font>的表达模式

单细胞转录组测序，揭示动物发育过程“古老”和“年轻”基因的表达模式

这一研究揭示了不同细胞类型在转录组年龄上的显著差异，有助于对不同细胞的进化起源进行估计，为理解驱动物种进化的遗传机制提供了新的视角。

生物探索 - 单细胞转录组测序，转录组年龄指数 - 2023-05-16

Epigenetics Chromatin：巨噬<font color="red">细胞</font>活化期间<font color="red">转录</font>增强子的全<font color="red">基因</font>组谱分析

Epigenetics Chromatin：巨噬细胞活化期间转录增强子的全基因组谱分析

巨噬细胞是组织稳态和宿主防御所必需的哨兵细胞。由于其可塑性，巨噬细胞可获得一系列反应的微环境刺激的功能表型，其中M（IFN-γ）和M（IL-4和IL-13）因其抗亲炎和抗炎作用则被熟知。增强子已成为调控基因表达激活的关键DNA元件。通过对基因表达和表观遗传数据的分析，研究人员确定了骨髓源性巨噬细胞的大规模转录增强子，其时间动力学和靶蛋白编码基因。研究观察到靶基因表达的增加，伴随着相关增强子数量的增

MedSci原创 - 2017-11-03

Science：科学家阐明机体<font color="red">细胞</font>糖酵解与<font color="red">基因</font><font color="red">转录</font>之间的神秘关联

Science：科学家阐明机体细胞糖酵解与基因转录之间的神秘关联

近日，一项刊登在国际著名杂志Science上的研究报告中，来自德克萨斯大学等机构的科学家们通过研究发现，在脂肪细胞分化期间，NAD+的合成和消耗或能整合葡萄糖代谢和基因转录过程；文章中，研究人员深入阐明了机体中的葡萄糖如何转化成为脂肪

细胞 - NAD+，肥胖，葡萄糖 - 2018-05-14

单<font color="red">细胞</font><font color="red">转录</font>组测序技术在非小<font color="red">细胞</font>肺癌<font color="red">免疫</font>微环境分析中应用的研究进展

单细胞转录组测序技术在非小细胞肺癌免疫微环境分析中应用的研究进展

与小细胞肺癌相比，非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer，NSCLC）更为常见[2]。

中国胸心血管外科临床杂志 - 单细胞转录组，非小细胞肺癌，免疫微环境 - 2024-03-17

Immunity：<font color="red">细胞</font>微环境可以影响炎症<font color="red">细胞</font>的<font color="red">基因</font>表达、调节<font color="red">免疫</font>反应！

Immunity：细胞微环境可以影响炎症细胞的基因表达、调节免疫反应！

人体通过先天免疫细胞（如巨噬细胞）应对发育及稳态调解过程中遇到的多种刺激，其转录可塑性是它实现复杂功能的基础。这种基因表达的动态变化不仅由遗传谱系决定，还取决于启动子、增强子等转录因子的表达变化。

生物探索 - 免疫细胞，巨噬细胞 - 2021-06-29

FEBS Open Bio：白<font color="red">细胞</font>介素-1β可调控AMTN<font color="red">基因</font><font color="red">转录</font>参与牙齿的脱落

FEBS Open Bio：白细胞介素-1β可调控AMTN基因转录参与牙齿的脱落

Amelotin（AMTN）是一种牙釉质蛋白，它在成熟期成釉细胞中表达，并且也在接合上皮的内部基底层中表达，该上皮结构附着于牙齿表面，防止致病菌侵入牙周组织。表明其功能可能与牙本质附着有关。本研究旨在探讨白细胞介素1β（IL-1β）对人牙龈上皮Ca9-22细胞中AMTN基因转录的影响。结果显示，IL-1β在3 h时可使AMTN mRNA和

MedSci原创 - 白细胞介素-1β，AMTN，牙齿 - 2018-06-23

A&R：<font color="red">转录</font>因子Pbx1调节外周B<font color="red">细胞</font>稳态以抑制狼疮自身<font color="red">免疫</font>

A&R：转录因子Pbx1调节外周B细胞稳态以抑制狼疮自身免疫

揭示转录因子Pbx1在B细胞稳态和狼疮发病机制中的调节作用。

MedSci原创 - 系统性红斑狼疮，B细胞稳态，转录因子Pbx1 - 2023-03-10

SPATA：基因集驱动的空间转录组分析框架

SPATA -

简书 - 生物信息学，空间转录组 - 2021-02-06

单细胞转录组研究进展

单细胞转录组分析以单个细胞为特定研究对象，提取mRNA进行逆转录、放大和高通量测序分析，能揭示该细胞内整体水平的基因表达状态和基因结构信息，准确反映细胞间的异质性，深入理解其基因型和表型之间的相互关系，在发育生物学、基础医学、临床诊断和药物开发等领域都发挥重要作用．本文主要介绍了单细胞转录组分析的特点和技术发展历史以及常用研究策略和不同技术的优缺点，并就其面临挑战

生物化学与生物物理学进展 - 转录组，单细胞转录组 - 2014-01-03

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