Science:如何从宏基因组中挖掘未知酶
2月10日的Science上哈佛大学和MIT的研究人员合作发表的一篇文章显示结合基因组和生物化学知识可以揭示菌群中的未知酶途径。使用一个新的工作流程,他们发现了反式-4-羟基-L-脯氨酸(在人体蛋白和
生物探索 - 宏观基因组 - 2017-02-14
Nat Rev Microbiol:宏基因组关联分析与微生物组
我们体内生活着不计其数的微生物,它们组成的生态系统就是微生物组。近年来人们发现这些微生物对人体健康有着重要的影响,微生物组研究因此受到了极大的重视,甚至被称为是人体的“第二基因组”。宏基因组关联分析(Metagenome-wide association studies,MWAS)是挖掘微生物组宝藏的有力工具,可以高分辨率研究微生物组与复杂疾病的关联,比如二型糖尿病、肥胖症、肝硬化
MedSci原创 - 宏基因组,关联分析,微生物组 - 2016-07-13
Nature:癌症基因组图谱计划完成
在美国大型癌症基因组计划告一段落后,卵巢癌是还将进行集中测序的若干肿瘤类型之一 美国一项从遗传学角度描述1万个肿瘤的庞大计划日前正式落下帷幕。作为在2006年开始的一个斥资1亿美元的试点项目,癌症基因组图谱(TCGA)如今是国际癌症基因组联盟中最大的组成部分,该联盟由来自16个国家的科学家组成,已经发现了近1000万个与癌症相关的基因突变。
《中国科学报》 - 癌症,基因组,图谱 - 2015-01-07
图解:宏基因组急危重症感染应用专家共识
近日,《中华急诊医学杂志》发表宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用的专家共识。作为首篇mNGS临床应用的专家共识,其对宏基因组临床应用场景,研究进展,基本流程,挑战和未来发展方向做出详细概述。
微远基因 - 宏基因组,急危重症 - 2019-02-12
Nat Commun:王少璞/母得志/牛晓宇绘制生命早期人类肠道病毒组最全面、完整的宏基因组图谱
ELGV目录提供了生命早期人类肠道病毒组最全面和完整的宏基因组图谱,有助于未来儿科疾病-病毒组的关联研究。
测序中国 - 宏基因组图谱,肠道病毒组 - 2024-03-24
Nature子刊:深度挖掘人类肠道宏基因组的古菌病毒
人类微生物组的组成和功能与宿主的健康密切相关。除了细菌外,肠道微生物群中的非细菌成员(古菌、真菌和病毒)也在微生物群落的动态演替以及人类的生理、免疫、疾病等方面发挥着重要作用。
网络 - 肠道宏基因组,古菌病毒 - 2023-01-02
Science:建立人类微生物组化学库的宏基因组学策略
最近几年,研究人员已经在确定微生物组对人类生理和疾病的影响方面取得了显着进展,但是控制这些作用的潜在分子和机制在很大程度上尚待探索。
MedSci原创 - 微生物,宏基因组 - 2019-10-20
Nature Genetics:HPV全基因组整合图谱分析
来自华中科技大学、南方医科大学、华大基因研究院等机构的研究人员,通过对宫颈癌(cervical cancer)进行全基因组人类乳头瘤病毒(HPV)整合图谱分析,鉴别出了一些成簇的基因组热点,并揭示出了由微同源
生物通 - HPV,宫颈癌 - 2015-01-20
首个亚洲家猪 “超清” 基因组图谱发布
近日,生物学预印本服务器(BioRxiv)在线发表了中国优良地方猪——陆川猪的染色体级别的高质量定相(Phased)基因组序列。这不仅填补了亚洲家猪缺少高质量参考基因组的空白,更为基因组组装提供了新的方向。该项成果由中国农业科学院深圳农业基因组研究所(以下简称 “基因组所”)猪基因组设计育种创新团队主导完成。
中国科学报 - 基因组图谱 - 2019-10-09
Meta公司发布ESMFold,两周完成6亿+宏基因组蛋白质结构图谱
今年8月,谷歌旗下的英国DeepMind公司借助AlphaFold2模型,公布了大约 2.2 亿种蛋白质的预测结构,它几乎涵盖了 DNA 数据库中已知生物体的所有蛋白质。AlphaFold是曾开发出A
MedSci原创 - 人工智能,结构生物学,ESMFold - 2022-11-07
Nature Microbiology:克氏锥虫全基因组图谱分析
本文数据显示,胰蛋白酶体基因组被组织成染色质折叠结构域,转录受到局部染色质结构的影响。我们提出了一个表观遗传机制影响锥体基因表达的模型。
MedSci原创 - 全基因组,克氏锥虫 - 2023-11-11
【协和医学杂志】宏基因组高通量测序技术的临床应用:现状、挑战与前景
本文将概述mNGS检测国内外临床应用现状,并对该领域未来发展所面临的挑战与前景进行论述。
协和医学杂志 - 宏基因组高通量测序 - 2023-10-08
Genes Dev:美科学家绘制全基因组DNA修复图谱
近日,来自美国的科学家开发出一种方法,能够在全基因组范围内精确定位DNA损伤修复位点。这一研究进展发表在国际学术期刊Genes & Developm
生物谷 - 癌细胞,DNA - 2015-05-07
STROBE-宏基因组学:指导宏基因组学研究报告的 STROBE 扩展声明
宏基因组学一词是指使用测序方法从样本中存在的所有生物体中同时识别基因组材料,其优势是比培养或其他方法具有更高的分类分辨率。应用包括病原体检测和发现、物种表征、抗菌素耐药性检测、毒力分析以及影响健康的微
Lancet Infect Dis . 2020 Oct;20(10):e251-e260. - STROBE,报告规范,宏基因组学 - 2021-09-01
从宏基因组测序推断的微生物组成数据的统计分析指南
从宏基因组测序推断的微生物组成数据的统计分析指南
Curr Issues Mol Biol . 2017;24:17-36 - 宏基因组,宏基因组学,宏基因组学测序 - 2021-10-21
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